序號 | 分析項目 | 類別 | 分析 | 備注 |
1. | 原始數據整理、過濾及質量評估 | A | √ | |
2. | 參考基因組注釋信息整理 | A | √ | |
3. | 比對到參考基因組及結果評估 | A | √ | |
4. | eggNOG分類分析 | A | √ | |
5. | 基因表達量統計 | A | √ | |
6. | 表達差異基因分析 | A | √ | |
7. | 表達差異基因GO富集分析 | A | √ | |
8. | 表達差異基因KEGG富集分析 | A | √ | |
9. | 表達差異基因聚類分析 | A | √ | |
10. | PCA分析 | A | √ | |
11. | 組間共有差異基因可視化 | B | √ | 實驗分組≥3 |
12. | cSNP分析 | B | √ | |
13. | 新轉錄位點預測 | B | √ | |
14. | 操縱子預測分析 | B | √ | |
15. | UTR分析 | B | √ | |
16. | antisense RNA分析 | B | √ |
圖1 RPKM密度分布
圖2 樣品相關性檢驗
圖3 RPKM飽和度
圖4 MA圖
