1. sc-ATAC seq與bulk ATAC seq有什么不同？
2. sc-ATAC seq可以與sc-RNA seq進行聯合分析嗎？
3. 只做sc-ATAC seq可以進行細胞分群和注釋嗎？
答1：scATAC-Seq可在單細胞分辨率下鑒定染色質的開放區域，可以得知不同細胞類型間的開放染色質差異。bulk ATAC seq只能得到樣本中所有細胞的均值，無法區分不同樣品中同一細胞類型的開放染色質區域或不同細胞類型間開放染色質的差異。
答2：可以，sc-ATAC seq與sc-RNA seq聯合分析可以深入探索TF通過染色質開放性變化調控某類細胞的某個基因轉錄表達的機制。從實驗設計上，可以一個樣本分成兩份同時分別測sc-ATAC seq可以與sc-RNA seq，也可以使用10x 新推出的多組學方案，即一個細胞同時分析染色質開放和基因表達，少量樣本即可得到多組數據。
答3：sc-ATAC seq是基于peak的信號豐度值進行單細胞聚類與分群，得到的細胞分群不依賴于基因表達，效果一般不佳，主要體現在分辨率偏低，一般只能將大類細胞區分開，其分群效果沒有對應的10×RNA-seq數據的好。建議是和sc-RNA seq進行聯合分析，基于已經注釋好細胞類型的 scRNA 數據，采用 Seurat TransferData 的方法，獲得 scATAC 的細胞類型注釋。
